Ⅰ（1）假设假设长毛和短毛基因位于X染色体上，由题意可知，纯种长毛雌兔和纯种短毛雄兔的基因型分别是XaXa、XAY，F1中雌兔的基因型为XAXa，雄兔基因型为XaY．
（2）假设长毛和短毛基因位于X染色体上，由题意可知，纯种长毛雄兔和种短毛雌兔的基因型分别是XaY、XAXA，杂交后代的基因型是XAXa，XAY，不论雌兔还是雄兔全部是短毛．
ⅡA、a位于常染色体上，由题意可知，纯种长毛雌兔和纯种短毛雄兔的基因型分别是aa、AA，F1 基因型是Aa，雄兔表现为长毛，雌兔表现为短毛，F2基因型是AA：Aa：aa=1：2：1，由题意可知，在雄兔中仅aa表现为短毛，雌兔中仅AA 表现为长毛，雄兔中长毛的基因型是AA和Aa，长毛与短毛的比例是3：1，雌兔中短毛的基因型是Aa和aa，长毛与短毛的比例是1：3，所以F2中长毛与短毛个体比值为1：1．
故答案为：
（1）XAXa XaY
（2）雌雄个体全部为短毛
（3）1：1 1：3
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